«Секретные материалы» приготовил новую порцию захватывающих дух мистических историй. Агентам ФБР Малдеру и Скалли снова придется столкнуться лицом к лицу с паранормальными явлениями, за которыми стоят могущественные злодеи. Малдер попадает в больницу после того, как у агента начала наблюдаться весьма странная активность в мозге. Через некоторое время Фокс впадает в кому. Во снах ему видится Курильщик, который в очередной раз предлагает Малдеру преступное соглашение. Тем временем Дана отправляется в Африку, где планирует разыскать таинственный артефакт. Древняя реликвия была способна подтвердить участие инопланетных пришельцев в зарождении жизни на планете.
Пока агенты специального отдела увлечены другими делами, тяжело больной Курильщик предпринимает попытку возрождения Синдиката. Злодей понимает, что отпущенного ему времени будет не достаточно для восстановления тайной организации, поэтому эту миссию возлагает на плечи своих приемников. Но Алекс Крайчек имеет собственные планы на будущее Синдиката, которые противоречат желаниям самого Курильщика. С этого момента начинается противостояние между умирающим злодеем и его правой рукой, которое не может остаться не замеченным агентами специального отдела.