Фокси Малдерс и Данна Скали - агенты Федеральной Службы Безопасности, вынужденные объединиться, поскольку их начальство поручают напарникам работу под кодовым названием "Секретные материалы". Полицейские не имеют права притрагиваться к этой папке, поскольку в неё входят различные мистические дела, которые не смогли раскрыть даже самые изощренные умы человечества. В сериале зрители увидят противостояние двух харизматичных агентов с пришельцами, оборотнями, вампирами, призраками, духами и другими монстрами. Мадлер и Скалли разные по характеру: первый верит во все паранормальное и пытается всячески убедить в этом Дану, но последняя постоянно находит объяснения всему происходящему. В дальнейшем взаимная неприязнь исчезает и появляется крепкая дружба, а дальше - в очень крепкие отношения, которые, однако, должны будут пройти проверку на прочность...