В фильме "Миссия невыполнима: Протокол Фантом", Итан Хант и его команда оказываются в крайне затруднительном положении после событий предыдущей части. Их обвиняют в организации взрыва в Кремле, что приводит к серьезным последствиям: российское правительство требует их выдачи, а американское – закрывает подразделение "Миссия невыполнима". Оставшись без поддержки и объявленные вне закона, агенты во главе с Хантом понимают, что стали жертвами подставы. Теперь им предстоит самостоятельно, без ресурсов и помощи, доказать свою невиновность, разоблачить настоящих преступников и предотвратить надвигающуюся угрозу национальной безопасности.