Год назад преступная группировка под названием Клан Фут почти смогла захватить власть в Нью-Йорке. Лишь вмешательство четырех черепашек-мутантов и журналистки Эйприл О’Нил с ее оператором Верноном Фенвиком помешало главе клана Шредеру осуществить свои планы. Черепашки были еще не готовы к тому, чтобы предстать перед людьми, поэтому все лавры победителя достались Вернону, чем тот теперь с удовольствием пользуется, а Лео, Майки, Донни и Раф все так же остаются в тени. Эйприл продолжает искать сенсационные материалы и благодаря оборудованию, сделанному для нее Донни, ей удается узнать о готовящемся побеге Шредера. В этом замешан гениальный доктор Бакстер Стокман. Но ни Эйприл, ни ее друзья не догадывались, что для побега Шредера он соорудит телепортационную станцию. Однако и сам Шредер не предполагал, что телепорт выбросит его не на Земле, а на космической станции «Технодром», которой управляет Коммандер Крэнг, уже давно мечтающий захватить нашу планету.